Il y a plusieurs siècles, lors d'un voyage d'exploration, des marins britanniques ont découvert un météore enterré dans les profondeurs de la terre. Ils se sont alors emparrés de quatre objets façonnés contenus dans la météorite. L'un des marins a tenu un journal retraçant leur retour vers l'Angleterre. Ce fut le seul survivant de l'expédition.

Antarctique, de nos jours
Une compagnie de recherches entreprend l'extraction de quelque chose enterré profondément dans la glace. Les relevés effectués dans la roche révèlent des traces d'un matériau jusque là inconnu. Cette chose semble offrir les possibilités intéressantes de multiplier et modifier les gènes qui déterminent la composition de la matière organique. Ces changements offrent la capacité de développer une plus grande diversité de vie. Les prochaines découvertes les plus importantes dans le domaine de la génétique et de l'évolution depuis Darwin sont contenues dans la roche.

Sur le site où se déroulent les fouilles, les chercheurs découvrent le corps d'un Européen, parfaitement préservé dans la glace. Sur sa pierre tombale est gravé le nom du bateau avec lequel il a navigué. Cette information les conduit à un journal de bord, le journal relatant le voyage de retour ; ils se mettent alors à la recherche des objets perdus par les marins.

Pendant ce temps, Lara est en Inde à la recherche de l'un de ces artefacts. Ignorant sa véritable histoire, elle sait seulement que dans la croyance locale, il était censé détenir un grand pouvoir et était vénéré par les tribus depuis de nombreuses années. Elle rencontre finalement l'un des scientifiques qui a étudié le météore en Antarctique. Cet homme est en possession d'un des objets recherché. Cependant, il a été victime des pouvoirs de l'artefact ; il a perdu la tête et a assassiné ses collègues. Lara devra alors l'affronter afin de s'emparer de l'objet.

Au moment où elle s'apprête à quitter les lieux, Lara se heurte au dirigeant de la compagnie. Elle accepte cependant sa proposition : retrouver les trois autres artefacts et les lui apporter en Antarctique.

À Londre, le PDG d'une société de produits cosmétiques possède l'un des artefacts et se sert de ses pouvoirs pour concevoir un produit pour lutter contre le vieillissement. Lara, vêtue d'un costume de cambrioleur style Catwoman, erra à travers la ville en passant par la cathédrale St Paul, le musée de cire de Mme Tussaud, puis les égouts de la ville tout en défiant les hommes de la société. Elle s'introduira finalement dans le laboratoire pour dérober l'objet convoité.

Après avoir rejoint la zone 51, Lara est arrêtée et emprisonnée. Elle échappera aux gardes et s'enfuira finalement en F-117 en possession d'un nouvel objet.

Dans le Pacifique du sud, Lara affrontera la jungle où elle rencontrera un Australien qui lui fournira une carte pour l'aider à progresser. Après avoir défié les dangers de ce monde hostile, elle mettra enfin la main sur l'artefact.

En possession des quatres objets, Lara rejoint en catastrophe l'Antarctique, où l'attend le chef de la compagnie. Mais elle n'est pas au bout de ses surprises...